این بیمارستان دارای کلینیک های ویژه فوق تخصص تنفس، عفونی، اعصاب و روان (روانپزشکی)، تغذیه، قلب، جراحی، آلرژی، اطفال، بیماری های داخلی، نفرولوژی، گوارش، انکولوژی، روانشناسی، مغز و اعصاب اطفال، روماتولوژی اطفال، قلب اطفال و گوارش اطفال است.

همچنین در حیطه پاراکلینیکی دارای ظرفیت ها ذیل است:آزمایشگاه مرجع سل کشوری (مرکز تحقیقات مایکو باکتریولوژی)، آزمایشگاه مرجع پاپیلومای کشوری، مرجع منطقه ای آنفلوانزا (مرکز تحقیقات ویرولوژی)،آزمایشگاه آلرژی و ایمونولوژی مرجع دانشگاهی، آزمایشگاه بالینی، آزمایشگاه پاتولوژی، آزمایشگاه مولکولار پاتولوژی، آزمایشگاه تنفس (بررسی عملکرد ریه)، آنژیوگرافی، ادیومتری (سنجش شنوایی)، برونکوسکوپی و لیزر، تست خواب، تصویربرداری هسته ایPET CT...